Производи

Фосфорилација протеина регулише различите ћелијске функције и игра кључну улогу у раном развоју биљака.Да бисмо допунили и проширили претходна истраживања фосфорилације протеина у садницама Арабидопсис, користили смо алтернативни приступ који комбинује екстракцију протеина у условима без денатурације са имобилисаним метал-јонским афинитетном хроматографијом (ИМАЦ) обогаћивањем интактних фосфопротеина у екстрактима осиромашеним Рубиском, након чега следи идентификација коришћењем дводимензионалне гел електрофорезе (2-ДЕ) и течне хроматографије-тандем масене спектрометрије (ЛЦ-МС/МС).Варење трипсина у гелу и анализа одабраних гел тачака идентификовали су 144 фосфорилисана пептида и остатака, од којих је само 18 фосфопептида и 8 фосфозита пронађено у базама података фосфорилационих места ПхосПхАт 4.0 и П3ДБ Арабидопсис тхалиана.Више од половине од 82 идентификована фосфопротеина било је укључено у метаболизам угљених хидрата, фотосинтезу/респирацију или механизме одговора на оксидативни стрес.Чини се да обогаћивање интактних фосфопротеина пре 2-ДЕ и ЛЦ-МС/МС побољшава детекцију фосфорилисаних остатака треонина и тирозина у поређењу са методама које користе обогаћивање на нивоу пептида, што сугерише да су ова два приступа донекле комплементарна у смислу покривености места фосфорилације.Поређењем резултата за младе саднице са онима добијеним раније за зрело лишће Арабидопсис идентификовано је пет протеина који су различито фосфорилисани у овим ткивима, демонстрирајући потенцијал ове технике за истраживање динамике фосфорилације протеина током развоја биљке.