Производи

Недавно смо известили да је пиренски нуклеотид првенствено уметнут насупрот абазичног места, 3'-Т тиминског димера и већине неоштећених база помоћу ДНК полимеразе ета (пол ета).Пошто је пирен неполаран молекул без способности Х-везивања, необично висока ефикасност уметања дПМП-а се приписује његовој супериорној способности слагања база и наглашава важност слагања база у селекцији нуклеотида према полетама.Да бисмо истражили улогу Х-везивања и геометрије базних парова у селекцији нуклеотида по пол ета, утврдили смо ефикасност уметања базно модификованих нуклеотида 2,6-диаминопурина, 2-аминопурина, 6-хлорпурина и инозина који би направити различит број Х-веза са базом шаблона у зависности од геометрије базног пара.Чини се да упаривање Ватсон-Црицк база игра важну улогу у одабиру аналога нуклеотида за уметање насупрот Ц и Т, што се види из смањења релативне ефикасности инсерције са смањењем броја Ватсон-Црицк Х-веза и повећањем у број интеракција донор-донор и акцептор-акцептор.Селективност уметања нуклеотида већа је насупрот 5'-Т него 3'-Т тиминског димера, у складу са претходним радом који сугерише да се 5'-Т држи ригидније од 3'-Т.Штавише, чини се да је уметање А насупрот оба Т димера посредовано упаривањем Вотсон-Црицк база, а не Хоогстееновим упаривањем база на основу скоро идентичне ефикасности уметања А и 7-деаза-А, од којих последњем недостаје Х- способност везивања на Н7.Релативна ефикасност за уметање нуклеотида који могу да формирају парове Вотсон-Крик база паралелна је са онима за Кленов фрагмент, док Кленов фрагмент јаче дискриминише неподударности, у складу са својом већом селективношћу облика.Ови резултати наглашавају значај Х-везивања и геометрије Вотсон-Криковог базног пара у селекцији нуклеотида и полета и фрагмента Кленовог, као и мању улогу избора облика у уметању од стране пола због његове отвореније и мање ограничено активно место.